«مارلین» پس از اتفاق تلخی که برای همسر و بچه‌هایش می‌افتد، از تنها فرزند خود یعنی «نیمو» به شدت مواظبت کرده و به او اجازه‌ی کوچکترین ریسک را نمی‌دهد و همین مساله باعث به‌وجود آمدن اختلاف بین آن دو می‌شود. روزی که «نیمو» برای اولین بار به مدرسه رفته بود، توسط غواصی شکار شده و «مارلین» سفر درازی را برای پیدا کردن او آغاز می‌کند.